Ваша ситуация достаточно частая. Когда банк лишается лицензии, все финансовые операции ему запрещены. То есть он не может списать с вас кредит, но и остаток на счету никуда не девается. Ваши деньги застрахованы, вы можете их получить, но, в размере, который не больше, чем требования банка к вам.
Порядок ваших действий следующий. Обратитесь в Агентство по страхованию вкладов. Вам произведут расчет, вычтут из остатка по счету вашу задолженность, и потом вы получите остаток средств. Других вариантов нет. Никаких встречных зачетов не бывает. Можно направить запрос напрямую конкурсному управляющему, который был назначен в ваш банк после лишения его лицензии.