Вы можете отправить документы о закрытии ИП Почтой России письмом с объявленной ценностью и описью вложения, или с помощью служб доставки DHL Express и Pony Express (в Москве). Обязательно предварительно уплатить госпошлину в размере 160 рублей и приложить квитанцию к заявлению.
Есть возможность подать документы в электронном виде с помощью сервиса ФНС «Государственная регистрацию юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» — https://service.nalog.ru/gosreg/#ip
Сервис позволяет заполнить заявление о прекращении деятельности ИП. При этом госпошлину платить не нужно. Но, для отправки заявления в электронном виде необходима электронная подпись. Если она у вас есть, никаких проблем не будет.